影响全身健康

牙颌畸形引起的咀嚼功能的降低会加重胃肠的负担，时间长了会引起消化不良或胃肠疾病；牙颌畸形引起的龋坏、牙龈炎​、牙周病​等口腔疾患，在身体免疫力低下时会诱发心肌炎​、肾炎​等系统性疾病。

影响口腔及颜面部发育

儿童生长发育期间的牙颌畸形如不能及时早期矫治，将会影响口腔及颜面部软硬组织的发育，引起面部的明显畸形。如地包天、开唇露齿等。

影响口腔卫生健康

牙齿排列不齐等牙颌畸形，牙齿自洁作用差，并且刷牙效果也不好，食物残渣和菌斑不容易去除，久之容易患龋坏(虫牙)、牙石(牙垢)、牙龈炎(牙龈出血)等口腔疾病，严重的可发展为牙周病，引起牙齿松动脱落。

影响口腔功能

有些牙颌畸形可能影响口腔功能。如前牙开牙合发音不清;反牙合、锁牙合病人对咬时接触面积比正常人小，咀嚼效率大大降低;深覆牙合会对下颌运动有影响，使下颌骨的运动关节-颞下颌关节运动异常，引起疼痛，并使面部肌肉容易疲劳。

影响心理健康

有些少年儿童因为牙齿长得不好看，受到同学或小伙伴的的嘲笑，产生自卑感，严重的影响心理健康。